카이스트 노동조합은
1987년 서울 홍릉에서 조합원 약95명으로 창립되었다. 창립 당시는 기관의 명칭에 따라 과학원 노동조합으로 출발하였다.
그 후 1990년 우리 기관이 대전 대덕연구단지로 이전 및 한국과학기술대학과 통합되면서 기관의 명칭이 한국과학기술원으로 변경됨에 따라 지금의 한국과학기술원 노동조합이 되었다.

우리 노동조합은 대전에 옮겨오면서 그 조직역량이 크게 증가하여 한때 조합원 수가 약 420명에 달했으며, 조직력 또한 탄탄하여 대덕 연구단지 내 각 정부출현기관 노동조합의 선봉에 있었다.그리고 1994년 산별노조인 전국과학기술노동조합을 창립하는데 우리 노동조합이 중추적인 역할을 맡기도 했다.